| 1959 | |
| 犬吠 6 [na] | |
| 19590201 | |
| D準 やまびこ 新設 福島-盛岡 [hi] | |
| 19590400 | |
| 比叡 153系 {-5906} [rz] | |
| 19590401 | |
| D準 くまがわ 新設 門司港-人吉 [hi] | |
| くまがわ 5:15 [na] | |
| D準 ひかり 博多/門司港-熊本 → 博多/門司港-熊本/都城 [hi] | |
| 19590408 | |
| E急 ことぶき 新設 東京-大阪 臨1 [hi] | |
| 19590411 | |
| ? [たるまえ] 新設 準 虻田-小樽 臨1 [na] | |
| 19590413 | |
| おくいず 新設 東京-伊東 1 土|休日 [tf] | |
| 奥利根 → 休日 [rz] | |
| たちばな 東京-伊東/修善寺 1 土|休日 → -伊東 毎日 [tf] | |
| ちどり, 夜行ちどり → D準 [ke] | |
| D準 ちどり 新設 広島-米子 2 [hi] | |
| [はつしま] 東京-伊東 上1増発 土 [tf] | |
| みくに 新設 E急 上野-水上 季下1 [na] | |
| E準 ゆきぐに 新設 上野-長岡 [hi] | |
| ゆきぐに 80系 4:17 [na] | |
| 19590420 | |
| きぼう 新設 品川-神戸 [na] | |
| 急 ひので 品川-京都 [rz] | |
| 19590501 | |
| D準 あさぎり｛九州｝ 新設 門司-天ヶ瀬 [hi] | |
| D準 えびの 新設 熊本-{肥薩}宮崎 [hi] | |
| 摩周 1季1新設 [na] | |
| D準 摩周 新設 釧路-川湯 2 [hi] | |
| 19590607 | |
| えりも 新設 臨1 [na] | |
| 19590701 | |
| 外房 廃止 → 京葉 [na] | |
| D準 八甲田 新設 盛岡-大鰐 [hi] | |
| はやちね 2:29 2新設 [na] | |
| D準 はやちね 新設 盛岡-釜石 [hi] | |
| D準 房総 新宿-銚子/{房総東}安房鴨川/{房総東}安房鴨川 2増発 [hi] | |
| 19590702 | |
| D準 朝霧 新設 長尾 新設 小田急新宿-御殿場 [hi] | |
| 19590714 | |
| 那智 新設 臨1 [na] | |
| 19590715 | |
| うしお 新設 P準 季 [na] | |
| 紀勢西普 天王寺-新鹿 夜1 → 延長 紀勢普 天王寺/難波-名古屋 夜1 [tp] | |
| 紀勢西普 天王寺-新宮 夜下1 廃止 → P準 はやたま 夜下1 増発 [jk] | |
| きのくに 臨1増発 [jk] | |
| くまの 延長 → -名古屋 [jk] | |
| くまの 10:50 [na] | |
| 平和 廃止 → さくら 新設 [jk] | |
| 急 那智 新設 臨1 [jk] | |
| 19590718 | |
| 黒部 臨1新設 [na] | |
| 19590719 | |
| こまくさ 新設 準 新宿-松本 臨 [na] | |
| 19590915 | |
| 予讃普/土讃普 高松桟橋- → 高松- [tp] | |
| 19590922 | |
| D準 あいづ 新設 /いわき 新設 仙台-喜多方/{磐越東}水戸 [hi] | |
| アカシヤ 函館-小樽変準-旭川 → 急 函館-旭川 [na] | |
| 急 あかつき 東京-大阪 夜季1 → 寝1 [hi] | |
| D準 あがの 新設 仙台-{磐越西}新潟 [hi] | |
| 準 あぶくま 上野-福島 → あぶくま/ばんだい 1増発 [新設] 上野-福島/喜多方 [hi] | |
| 急 天草 京都-熊本 → 天草/くにさき 新設 京都-熊本/大分 [hi] | |
| D準 有明 [新設] 博多-熊本 註 ← P準 [hi] | |
| D準 阿波 新設 高松-徳島 [hi] | |
| 急 那智/伊勢/能登 新設 東京-鳥羽/新宮/金沢 [hi] | |
| E準 伊吹 新設 名古屋2-大阪1神戸1 2 [hi] | |
| D準 オホーツク 新設 旭川-網走 [hi] | |
| オホーツク 毎日臨1 [rz] | |
| D準 かいもん 新設 博多-西鹿児島 [hi] | |
| D準 かむい 新設 小樽-旭川/上芦別 [hi] | |
| きそ 命名 [rz] | |
| こだま 6:40 [na] | |
| しもつけ P準 → E準 80系 [na] | |
| 新東海 新設 指定 5:20 [ke] | |
| 大雪 函館-旭川 [ke] | |
| D準 丹後 新設 京都2-天橋立1東舞鶴1 [hi] | |
| 快 だいや → E準 だいや 上野-日光 [ke] | |
| D準 ちとせ 新設 室蘭-札幌 [hi] | |
| E準 中禅寺 新宿-日光 1増発 [hi] | |
| ときわ 2増発 [na] D準 ときわ 上野-平 2増発 [hi] | |
| 準 土佐 新設 高松-高知変窪川普 [hi] | |
| 長門 命名 [na] | |
| E準 なすの 新設 E準 上野-黒磯 ← [hi] | |
| なすの 157系 [na] | |
| ななうら 命名 [na] | |
| P準 南紀 1 延長 → D準 -新宮 臨1 [jk] | |
| D準 日光 東京-日光 → E準 [hi] | |
| D準 ノサップ 新設 釧路-根室 [hi] | |
| E準 はまな 新設 東京-浜松 [hi] | |
| はまな 4:02 [na] | |
| ばんだい 新設 上野-喜多方 [na] | |
| D準 ひかり 博多/門司港-熊本/都城 → -熊本/西鹿児島 延長 [hi] | |
| 準 ふたば 新設 広島-長崎 [ke] | |
| 急 北斗 上野-青森 → 急 寝1 [hi] | |
| 急 北陸 上野-福井 → 上野-金沢 [hi] | |
| まりも → -釧路 短縮 [na] | |
| D急 みやぎの 新設 上野{常磐}-仙台 [hi] | |
| みやぎの 5:43 [na] | |
| D準 やくも 新設 米子-博多 [hi] | |
| D準 やしま 高松-松山 → -八幡浜 延長 [hi] | |
| 大和 分離 [na] | |
| D準 弓張 新設 博多-佐世保 [hi] | |
| 鷲羽 命名 [na 鷲羽] わしう 命名 [rz] | |
| [鷲羽] わしう 命名 [rz] | |
| 19591001 | |
| 加賀 臨 新設 準 [na] | |
| 19591020 | |
| きのくに 臨1 定期化 [na] | |
| 南紀 定期化 [jk] | |
| 19591101 | |
| ちとせ 1増発 [na] | |
| 19591121 | |
| 特 ひびき 新設 東京-大阪 臨1 [hi] | |
| 195912 | |
| くにさき 延長 -都城季 [na] | |
| 19591201 | |
| D準 たざわ 新設 /もがみ 新設 仙台/米沢-秋田/酒田 [hi] | |
| もがみ 季1新設 [na] | |
| 19591213 | |
| ちくま 新設 上1夜下1 大阪季1名古屋-長野 ← きそ 夜下1 しなの 上1 [na] | |
| しなの 準 廃止 → きそ 下1 ちくま 上1 [na] | |
| 準 しなの → 急 [ke] | |
| D急 しなの 新設 名古屋-長野 [hi] | |
| 19591215 | |
| ちとせ 1増発 [rz] D準 ちとせ 室蘭/虻田-札幌 1増発 [hi] | |
| 19591228 | |
| 男鹿 臨 新設 [na] | |
| 19591229 | |
| すばる 新設 臨時 下1夜上1 [na] |