| 19900310 | |
| あさひ 275km/h [hi] あさひ 275km/h [jr] | |
| あさま 上野季1- → 新宿季1- [nt] | |
| あずさ -南小谷下1 → -信濃大町下1 , -松本上1 → -松本延上1南小谷季上1 [jr] | |
| 有明 -熊本1 延長 -西鹿児島1, 門司港下2上1- → 門司港|小倉6- [jr] | |
| 有明 20 → 13 スーパー有明 廃止1 ハイパー有明 新設 18 130 km/h [jr] | |
| {オランダ村特急/有明} 門司港-博多 → 門司港-鳥栖 [jr] | |
| かもめ 有明 130km/h [hi] | |
| エーデル北近畿 新設 大阪-浜坂 [hi] | |
| E特 北近畿 下2上1廃止 → D特 エーデル北近畿 新設 下2上1 [jr] | |
| 踊り子 9季3 → 下10上11季2 [jr] | |
| おはようライナー逗子 新設 上1 [tp] | |
| おはようライナー津田沼 新設 上1 ← ホームライナー津田沼 上1廃止 [tp] | |
| おはようライナー土浦 新設 上1 [tp] | |
| かもめ 18 → 21 130km/h , かもめ 5 → ハイパーかもめ 新設 [jr] | |
| {かもめ/みどり} 下7上5 [jr] | |
| 紀勢西普 天王寺- → 延長 新大阪- [tp] | |
| 北アルプス -富山 短縮 → -高山 [jr] | |
| 北近畿 季1 定期化 [jr] | |
| こだま 姫路-広島 4増発 , 広島上1小倉1-博多下1上2 増発 , 164本 → 175本 [jr] | |
| こだま 東京-三島下1 → -浜松下1, 広島-博多1 → 姫路-博多1, [jr] | |
| 新快速 1増発 , 115 km/h [sr] | |
| 新特急あかぎ 下1増発 [jr] | |
| 新特急なすの 4廃止 → 格下げ 快, 上野1- → 新宿1- [tf] | |
| 新特急なすの 5 → 1 [jr] | |
| スーパーひたち → 15 [tf] | |
| スーパーひたち 7 → 15 ひたち 下15上16 → 下15上16 ホームタウンひたち 新設 下1 [jr] | |
| ちどり 短縮 -備後落合 [tf] | |
| とき 48本 → 49本 [jr] | |
| 南紀 1廃止 格下げ → みえ [jr] | |
| にちりん -宮崎上2 → -南宮崎上2 , にちりん 3 → ハイパーにちりん 新設 [jr] | |
| のりくら 廃止 3 [tf] | |
| のりくら 3 廃止 格上げ → ひだ 3増発 5 → 8, -高山1 延長 -富山1 [jr] | |
| ハイパー有明 博多18-熊本11西鹿児島7 18 [jr] | |
| ひかり 東京-新大阪 5+1+, 新大阪-博多 1+, 184本 → 198本 [jr] | |
| ひたち → 16 [tf] | |
| ひだ 全列車 85系 [hi] | |
| ひだ 名古屋-高山4飛騨古川1富山3 8 [jr] | |
| 富士 東京-宮崎 → -南宮崎 [jr] | |
| ホームライナー逗子 新設 下1 [tp] | |
| ホームライナー太多 新設 [tp] | |
| ホームライナー千葉 下1増発 [tp] | |
| ホームライナーながら 下1増発 [tp] | |
| 快 みえ 新設 9 [tf] | |
| みよし 1増発 [tf] | |
| 雷鳥 17季1 → 18 [jr] | |
| 19900401 | |
| 丹後9|6 -西舞鶴変豊岡普 格上げ [jk] | |
| タンゴエクスプローラー 新設 京都-久美浜 [hi] | |
| 19900428 | |
| 踊り子 3 → スーパービュー踊り子 3 [jr] | |
| スーパービュー踊り子 新設 [hi] | |
| 19900831 | |
| ライラック 室蘭6苫小牧下1千歳空港上1札幌下8上7-札幌下1旭川14 下15上14 [jr] | |
| 19900901 | |
| あけぼの1|4 上野-{奥羽}青森 → 鳥海 新設 上野{上越}-青森 [hi] | |
| あけぼの3|2 上野-{陸羽東}青森 [hi] | |
| ピヤシリ 廃止 , てしおがわ 廃止 , すずいし 廃止 , えんれい 廃止 → なよろ 新設 [jk] | |
| おおぞら 7 → おおぞら6 とかち 5 [jr] | |
| 狩勝 廃止 そらち 廃止 格上げ → スーパーホワイトアロー [jr] | |
| 快 十勝 → 狩勝 [jr] | |
| スーパーホワイトアロー 新設 札幌-旭川 785系 130km/h [hi] | |
| ホワイトアロー 廃止 下7上6 → スーパーホワイトアロー 13新設 [jr] | |
| ちとせ 廃止 → ライラック 1増発 [jr] | |
| P急 津軽 -{奥羽}- → E急 -{仙山}- [rz] | |
| つばさ 12 → 8 上野1福島6山形1-山形1新庄2大曲1秋田4 [jr] | |
| つばさ 上野|福島-秋田 → 山形-秋田 [hi] | |
| とかち 新設 札幌-帯広 [hi] | |
| はつかり -函館 延長 1 [jk] | |
| モーニングエクスプレス 新設 [tp] | |
| ライラック 下15上14 → 下17上16 [jr] | |
| ライラック 室蘭下7上8苫小牧2千歳空港5札幌下3上2-札幌下3上2旭川14 下17上16 [jr] | |
| 19901121 | |
| D急 あしずり 下3上2 廃止 格上げ → D特 下2上1 [jr] | |
| D特 あしずり 註{格上げ} 新設 [hi] | |
| 阿波 廃止 2 格上げ → うずしお 2+{11 → 13} [jr] | |
| いしづち 9 → 8 [jr] | |
| D特 うずしお 高松-徳島 → -徳島|海部 延長 [hi] | |
| うわじま 廃止 下2上3 格上げ → 宇和海 4新設 [jr] | |
| D特 宇和海 新設 [hi] | |
| しおかぜ 8 {6 2000系} [jr] | |
| D特 しおかぜ 南風 一部 2000系 [hi] | |
| 土佐 廃止 1 格上げ → しまんと 1+{5 → 6} [jr] | |
| 南風 5季1 → 6 [jr] | |
| D特 しおかぜ 南風 一部 2000系 [hi] | |
| 19901220 | |
| とき ? 上野-越後湯沢 -下1上野-ガーラ湯沢 [hi] |