| 19880313 | |
| あおば 17 → 20 [jk] | |
| あおば 上野-仙台 季1 定期化, 上野-那須塩原 臨1 → 下3上2, 36本 → 41本 [jr] | |
| とがくし 廃止 2 , 南越後 廃止 1 → 赤倉 新設 [jk] | |
| あけぼの 1廃止 → 北斗星 [jk] | |
| あさひ 1増発 [jk] | |
| そよかぜ 1廃止 → あさま 季1増発 [jk] | |
| あずさ 22 → あずさ 18 , かいじ 新設 9 [jk] | |
| 有明 25 → 27 , スーパー有明 新設 1 [jk] | |
| アルプス 夜季下1 廃止 [jk] | |
| いなほ 1増発 , 季1 定期化 [jk] | |
| ウエストひかり 新設 [hi] | |
| D快 なつどまり 廃止 → うそり 新設 [jk] | |
| おおとり 廃止 → オホーツク 1増発 [jk] | |
| 奥只見 廃止 [jk] | |
| 踊り子 下2上1増発 , 季1 定期化 [jk] | |
| オランダ村特急 新設 季1 [jk] | |
| 海峡 新設 [jk] | |
| かいもん 門司港-小倉 格下げ [jk] | |
| かがやき 新設 [jk] | |
| かむい 廃止 → そらち 1増発 [jk] | |
| かもしか 廃止 格下げ → みすず [jk] | |
| かもめ 1+{13 → 14} [jk] | |
| きたみ 臨1 新設 [jk] | |
| きらめき 新設 米原-金沢 1 [jk] | |
| 久慈 廃止 → こはく 新設 [jk] | |
| くにびき 新設 米子-益田 1 [jk] | |
| ひかり 東京-広島1 分割 → ひかり 東京-新大阪1 こだま 新大阪-広島1 [jr] | |
| こだま 147本 → 158本 [jr] | |
| こだま 広島-博多 下2上1 延長 新大阪上1岡山下2- [jr] | |
| こだま 岡山上1広島上1-博多上2 増発 , 小倉-博多 臨2 定期化 [jr] | |
| こだま 東京-三島 臨1 定期化, 東京-新大阪1 → -名古屋1 [jr] | |
| こだま 新大阪-広島 下1 延長 -博多 , 新大阪-岡山 1増発 [jr] | |
| 砂丘 -倉吉普下1米子普下1 短縮 → -鳥取 [jk] | |
| しなの 10 → 16 [jk] | |
| 湘南ライナー 1増発 [jk] | |
| しらさぎ9| 延長 → -富山 [jk] | |
| 新快速 下11上9増発 , 延長 米原- [sr] | |
| 新特急なすの 9 → 5 [jk] | |
| すいごう 両国1- 延長 → 東京1- [jk] | |
| たざわ 4増発 [jk] | |
| ちとせ 1廃止 [jk] | |
| つばさ 延長 [jk] | |
| とき 上野-高崎 臨1 → 上野-高崎1越後湯沢2新潟5, 31本 → 47本 [jr] | |
| とき 上野15- → 21 [jk] | |
| 日南 門司港- → 博多- [jk] | |
| にちりん 10増発 {下18上17 → 下28上27} [jk] | |
| 日本海1|4 延長 -函館 [jk] | |
| はくつる 季1廃止 → ゆうづる 季1増発 [jk] | |
| はつかり5:9|:0:6 延長 -函館 [jk] | |
| はまなす 新設 [jk] | |
| はんわライナー 平日 下2上1増発 休 下1増発 [jk] | |
| ひかり 163本 → 169本 [jr] | |
| ひかり 東京-岡山{0停車} 10 短縮 → -新大阪 [jr] | |
| ひかり 東京-新大阪 1 延長 → -西明石 [jr] | |
| ひかり 東京-新大阪{2停車} 11 延長 → -岡山 [jr] | |
| ひかり50 新大阪-博多 4増発 , 新大阪-博多 季上1 定期化, 新大阪-博多 下1上2季下1 廃止 [jr] | |
| ひかり 東京-新大阪 季1 定期化 , 季1増発 [jr] | |
| ひかり 東京-新大阪 2:49 100系 G [hi] | |
| ひたち -水戸1 延長 → -高萩1 [jk] | |
| びわこライナー 定期化 [jk] | |
| フェアウェイ 定期化 [jk] | |
| ホームライナーながら 新設 2 [jk] | |
| ほくせつライナー 新設 [jk] | |
| ゆうづる 1季1 廃止 → P特 北斗星 新設 寝2季1 [jk] | |
| ホワイトアロー 下1増発 [jk] | |
| 南三陸 新設 [jk] | |
| ムーンライト 定期化 [jk] | |
| やくも 季1 定期化 [jk] | |
| やまとじライナー 新設 下1上2 [jk] | |
| やまびこ 29 → 38 [jk] | |
| やまびこ 上野-盛岡 季2 定期化, 上野-仙台 7季2増発 58本 → 76本 [jr] | |
| ゆぅトピア和倉 → 毎日臨1 [jk] | |
| 雷鳥 1増発 [jk] | |
| ライラック 下1増発 [jk] | |
| 陸中3| 短縮 -釜石 [jk] | |
| 19880314 | |
| 青函航路 廃止 -下1臨時 [jk] | |
| 19880401 | |
| あしずり -窪川-中村 格下げ [jk] | |
| 北郷温泉号 廃止 → 日南マリーン 新設 [jk] | |
| 平戸 廃止 [tp] | |
| 19880410 | |
| あしずり 高松3- → 高松下1上3- [jk] | |
| 阿波 新設 2 ← むろと 廃止 2 [jk] | |
| うずしお 新設 11 ← 阿波 廃止 下11上10 [jk] | |
| いしづち 新設 高松-松山|宇和島 [hi] | |
| しおかぜ 廃止 13 → しおかぜ 9新設 いしづち 5新設 [jk] | |
| いしづち -宇和島下3上2 [rz] | |
| いよ 高松-松山 1 → 2 [jk] | |
| 宇高航路 廃止 [hi] | |
| うずしお 新設 高松-徳島 [hi] | |
| うわじま 下3上4夜下1 → 下4上5 [jk] | |
| うわじま1 夜下1 格下げ → D普 予讃普/土讃普 高松-宇和島/窪川 夜下1 新設 [tp] | |
| しおかぜ 高松-松山|宇和島 → 岡山-松山|宇和島 [hi] | |
| 南風 廃止 4 → 南風 3新設 しまんと 3新設 [jk] | |
| しまんと 新設 高松-高知|中村 [hi] | |
| 瀬戸 東京-宇野 → -高松 延長 [hi] | |
| 南風 高松-高知|中村 → 岡山-高知|中村 [hi] | |
| 備讃ライナー 廃止 → マリンライナー 新設 [jk] | |
| 19880701 | |
| ミッドナイト 新設 函館-札幌 夜1 [tp] | |
| 19880706 | |
| 湘南新宿ライナー 新設 2 [tp] | |
| ホームライナー大宮 下2 延長廃止 → ホームライナー古河 下2 増発 [tp] | |
| ホームライナー大宮 下2 延長廃止 → ホームライナー鴻巣 下2 増発 [tp] | |
| ホームライナー鴻巣 新設 下2 [tp] | |
| ホームライナー古河 新設 下2 [tp] | |
| ホームライナー千葉 新設 下1 [tp] | |
| ホームライナー津田沼 新宿-津田沼 下1廃止 → ホームライナー千葉 [tp] | |
| ホームライナー津田沼 上1増発 [tp] | |
| 19880716 | |
| エーデル丹後 新設 新大阪-天橋立 [hi] | |
| みやづ 新設 [tp] | |
| 19880919 | |
| 青函航路 廃止 [hi] | |
| 198811 | |
| D普 予讃普/土讃普 高松-宇和島/窪川 夜下1 → 夜毎日臨下1 [tp] | |
| 19881103 | |
| 宗谷 天北 P急 → D急 註 [jr] | |
| ちとせ 静内普下1苫小牧上1変下1- 短縮 → 東室蘭- [jk] | |
| ミッドナイト 定期化 [jk] | |
| 198812 | |
| かいじ 1増発 [rz] |