| 1965 | |
| 日本平 -浜松 延長 [na] | |
| 196501 | |
| たてしな → -上諏訪下1変上1岡谷普上1 [na] | |
| 196503 | |
| 周防 1 → E準 80系 [na] | |
| たてしな → -上諏訪変岡谷普 [na] | |
| くろしお ? 註:原文6410 季 → 臨時しらはま 季 [ke] | |
| 19650301 | |
| D特 あすか 新設 名古屋{関西}-東和歌山 1 [hi] | |
| くろしお ? 註:原文6410 季 → 臨時しらはま 季 [ke] | |
| D特 くろしお 新設 名古屋-天王寺 1 [hi] | |
| 志摩 1増発 [na] | |
| とも 1廃止 やしろ 広島-下関 併合 → やしろ 岡山-下関 [na] | |
| とも 1増発 [na] | |
| D準 はしだて 新設 大阪-天橋立 3:50 [na] | |
| やしろ 80系 6:21 [na] | |
| 19650320 | |
| 五葉 新設 [jk] | |
| そとやま 新設 D準 [na] | |
| E特 とき 上野-新潟 1増発 [hi] | |
| ときわ -原ノ町1 延長 [na] | |
| リアス 新設 準 盛岡-釜石 [ke] | |
| 19650325 | |
| とき 1 運転開始 [jk] | |
| 19650601 | |
| 予土 新設 D準 松山-高知1 [na] | |
| 196507 | |
| 赤石 → E準 [na] | |
| 19650701 | |
| アルプス 白馬 3 → E急 [tf] | |
| アルプス 1 → E急 [na] | |
| アルプス 下2上1 E急 [rz] | |
| 上高地2| → E急 [na] | |
| 白馬|2 → E急 [na] | |
| 19651001 | |
| あいづ 延長 -/会津川口/会津田島 [jk] | |
| べっぷ 廃止 , にちりん 廃止 併合 → 青島 新設 [jk] | |
| 青葉 廃止 → きたかみ 新設 [jk] | |
| 赤石 1増発 [jk] | |
| あかつき 新設 [jk] | |
| あきよし 延長 -東唐津/天ヶ瀬 [jk] | |
| 土佐 1廃止 延長 → 足摺 [jk] | |
| いでゆ 廃止 統合 → あまぎ [jk] | |
| おくいず 廃止 統合 → あまぎ [jk] | |
| 有明 廃止 , やくも 廃止 併合 → やえがき 新設 [jk] | |
| 山陽 廃止 延長 -熊本 → 有明 新設 [jk] | |
| 上高地 廃止 2 → アルプス [jk] | |
| かいじ 廃止 延長 → アルプス [jk] | |
| たてしな 廃止 延長 → アルプス [jk] | |
| 阿波 2増発 [jk] | |
| いこい 廃止 統合 → いでゆ 新設 [jk] | |
| いこま 廃止 → 臨時 [jk] | |
| 那智 → 那智/伊勢 [jk] | |
| いそかぜ 新設 [jk] | |
| えひめ 廃止 統合 → いよ [jk] | |
| 予讃普 夜1 廃止 → 格上げ いよ1|4 [jk] | |
| 岩木 新設 [jk] | |
| 岩木 廃止 → むつ 延長 [jk] | |
| いわて 廃止 延長 -青森 統合 → 十和田 [jk] | |
| まつしま 1廃止 , みやぎの 廃止 1 延長 -盛岡 統合 → いわて 新設 2 [jk] | |
| 羽越 廃止 → 鳥海 新設 [jk] | |
| さざなみ 統合 廃止 → 内房 [jk] | |
| 宇野普 E普 夜上1 廃止 → E準 鷲羽|1 夜上1増発 [jk] | |
| うわじま 2増発 [jk] | |
| 越後 廃止 → 越路 新設 [jk] | |
| 越前 廃止 統合 → 加賀 1増発 [jk] | |
| 越山 廃止 統合 → 立山 [jk] | |
| おいらせ 1廃止 統合 → 十和田 [jk] | |
| 津軽 廃止 1 短縮 -秋田 → おが 新設 1 [jk] | |
| おが 廃止 2 延長 -青森 → 津軽 新設 2 [jk] | |
| しまね 廃止 → おき 新設 [jk] | |
| みなかみ 廃止 統合 → 奥利根 [jk] | |
| ゆのさと 廃止 統合 → 奥利根 [jk] | |
| 奥利根 1増発 [jk] | |
| 皆生 廃止 → たまつくり 新設 [jk] | |
| かいけ 新設 [jk] | |
| はやとも 廃止 → 海星 新設 [jk] | |
| 加賀 夜1廃止 → つるぎ 新設 [jk] | |
| ゆのくに 廃止 統合 → 加賀 1増発 [jk] | |
| 鹿児島普 夜1 肥薩普 夜1 → 鹿児島普/肥薩普 夜1 [jk] | |
| 穂高 廃止 → 上高地 新設 [jk] | |
| かむい4|1 廃止 → ましけ 新設 [jk] | |
| そらち -落合普上1 廃止 → かむい [jk] | |
| かもめ -宮崎 → -西鹿児島 [jk] | |
| 軽井沢 1廃止 → 信越いでゆ 新設 全指定 [jk] | |
| 南紀観光 → 関西観光 1増発 [jk] | |
| きのくに 天王寺/難波-白浜延新宮季 下1 → 南紀/きのくに 天王寺/難波-新宮 下1 [jk] | |
| 九州観光2|2 寝季1増発 [jk] | |
| 錦江 -西鹿児島 上1 短縮 [jk] | |
| 金星 廃止 [jk] | |
| 銀河 寝1 → 夜1 , 延長 -姫路 [jk] | |
| ぎんなん 新設 [jk] | |
| くさせんり 廃止 ながさき/弓張 併合 → 九重 新設 [jk] | |
| くずりゅう 廃止 [jk] | |
| くびき 延長 田口- [jk] | |
| くりこま 1廃止 [jk] | |
| 黒潮（土讃線） 廃止 → 南風2|1 増発 [jk] | |
| くろしお（総武線） 廃止 統合 → 外房 [jk] | |
| 月光 廃止 [jk] | |
| 越路 廃止 統合 → 佐渡 [jk] | |
| こだま 3増発 [jk] | |
| さくら → -/佐世保 [jk] | |
| さつま 廃止 分割 → はやとも 新設 , はやと 新設 [jk] | |
| 苗場 廃止 統合 → 佐渡 [jk] | |
| 弥彦 廃止 統合 → 佐渡 [jk] | |
| ゆきぐに 廃止 統合 → 佐渡 [jk] | |
| 山陰普|山陰西普 811|2 夜1廃止 → 山陰東中普 837 下1 , P急 しまね 新設 [jk] | |
| 三瓶 → D急 延長 -石見益田 [jk] | |
| 長門 廃止 → 山陽 新設 [jk] | |
| 山陽鹿児島普 233|6 短縮 → 山陽普 225|4 [jk] | |
| さんりく 新設 [jk] | |
| ざおう 1廃止 ばんだい 1廃止 格上げ → やまばと 1増発 [jk] | |
| しいば 廃止 [jk] | |
| つばめ 廃止 → しおかぜ 新設 [jk] | |
| しおじ 1増発 [jk] | |
| 四国 廃止 統合 → せと [jk] | |
| しもきた 廃止 併合 → みちのく [jk] | |
| ふたあら 廃止 統合 → しもつけ [jk] | |
| しらはま 上1増発 [jk] | |
| しらゆき 延長 -青森 [jk] | |
| しろやま 短縮 大阪- [jk] | |
| しんじ -{山口}小郡 [jk] | |
| 周防 1廃止 延長 → やしろ 1増発 [jk] | |
| すずらん 1増発 [jk] | |
| するが 廃止 臨時 [jk] | |
| 函館普 123|, 石北 札幌- 下1 → 石北 函館普札幌変- [jk] | |
| たざわ 廃止 → 千秋 新設 [jk] | |
| たかやま 新設 [jk] | |
| 鳥海 廃止 → たざわ 新設 [jk] | |
| ゆあみ 廃止 → 但馬 [jk] | |
| 但馬 1増発 [jk] | |
| 立山 → E急 [jk] | |
| 丹波2|2 増発 [jk] | |
| ちとせ 洞爺- 廃止 → とうや 新設 [jk] | |
| 宮島 1廃止 延長 → つくし 1増発 [jk] | |
| つくし → E急 [jk] | |
| つばさ 分離 → つばさ やまびこ 新設 [jk] | |
| やまばと 1- 延長 → つばさ 1増発 [jk] | |
| つばめ 新設 [jk] | |
| つばめ 12:51 [na] | |
| つるぎ 7:40 [na] | |
| ゆのか 下1 分割 → ゆのか -{久大}別府 , つるみ [jk] | |
| まりも 分割 → まりも , ていね 新設 [jk] | |
| 天竜1|2 増発 [jk] | |
| 東海 2廃止 [jk] | |
| 東北北海道観光 廃止 → 北海道観光 新設 [jk] | |
| ときわ 2増発 [jk] | |
| 南国 廃止 統合 → 土佐 [jk] | |
| 土佐 1増発 [jk] | |
| なかうみ 新設 [jk] | |
| なかうみ 7:46 [na] | |
| ながら 廃止 [jk] | |
| 六甲 廃止 → なにわ 1増発 [jk] | |
| なよろ 新設 [jk] | |
| 鳴子いでゆ 廃止 併合 → みちのく [jk] | |
| 南風 格上げ [jk] | |
| 野沢 延長 -長岡 [jk] | |
| 能登 → 能登/大和 [jk] | |
| 白山 延長 -福井 [jk] | |
| 白鳥 分離 → 白鳥 -{白新} , はくたか 新設 [jk] | |
| はくたか 7:50 [hi] | |
| 白馬 上1増発 [jk] | |
| 白馬 夜1 廃止 → 穂高 新設 [jk] | |
| はと 481系 [na] | |
| はまな 廃止 [jk] | |
| はやとも 475系 13:13 [na] | |
| はりま 廃止 [jk] | |
| はるな 新設 [jk] | |
| 日田 → 直方- , はんだ → 門司港- [jk] | |
| 比叡 4廃止 [jk] | |
| ひかり 6増発 [jk] | |
| 火の山 1廃止 → ひまわり [jk] | |
| 火の山2| 短縮 博多- , |3 増発 [jk] | |
| ひばり 1増発 → E特 [jk] | |
| ひめかみ 延長 -盛岡 [jk] ひめかみ 9:25 [na] | |
| 平戸 延長 → 京都- [jk] | |
| びんご|2 延長 新大阪- [jk] | |
| 富士 延長 -西鹿児島 [jk] 富士 24:55 [na] | |
| 北斗 新設 [jk] | |
| 北斗 廃止 格上げ → ゆうづる 新設 [jk] | |
| 北陸普 -新潟 夜1 短縮 → -直江津 [jk] | |
| みやぎの 廃止 統合 → まつしま 1増発 [jk] | |
| まつしま 1増発 [jk] | |
| みくに 廃止 [jk] | |
| やしろ 1廃止 格上げ → みずしま 新設 [jk] | |
| みずしま 80系 [na] | |
| みどり -熊本 → -{筑豊}佐世保 [jk] | |
| 八ケ岳 小海- 格下げ [jk] | |
| 夕月 新設 [jk] | |
| ゆうづる 11:45 [na] | |
| ゆざわ 新設 [jk] | |
| よど 廃止 [jk] | |
| よねしろ2|1 延長 仙台- [jk] | |
| 陸中 延長 -/盛 [jk] | |
| わかくさ 新設 品川-京都 [rz] | |
| わかば 新設 東京下1品川上1-明石 上1 夜下1 [rz] | |
| 鷲羽 新大阪2大阪下1上2- 増発 [jk] | |
| わたらせ 桐生- 格下げ [jk] | |
| 19651101 | |
| こだま 3季3増発 [jk] | |
| ひかり 5季1増発 [jk] | |
| やくも 新設 [jk] | |
| やたけ 新設 阿蘇下1熊本上1-{肥薩}西鹿児島 [na] | |
| 196512 | |
| こだま 名古屋-新大阪 1廃止 註:原文{660310} [hi] | |
| こだま 25 [ke] | |
| 19651201 | |
| 鳥海 上野-新潟- 運転開始 [jk] | |
| 19651219 | |
| いわて2 まつしま|1 運転開始 [jk] | |
| 19651220 | |
| いわて|1 -仙台-盛岡 運転開始 [jk] | |
| 19651226 | |
| 関門 1増発 [na] 関門 運転開始 [jk] | |
| つくし -博多 延長 [na] |