| 19990313 | |
| D特 あい 廃止 [jk] | |
| D特 あしずり 下1増発 註{?} [jk] | |
| E特 有明 下8上10増発 博多-熊本下24上25八代1水俣上1 下25上27 [jk] | |
| D特 うずしお 岡山2高松13-徳島15{14 2000系} [jk] | |
| D快 月山 2 廃止 → D快 無名 2 [jk] | |
| E特 こまくさ 廃止 → E快 こまくさ 新庄-横手3秋田2 5 [jk] | |
| D特 シーボルト 新設 佐世保-長崎 2 [jk] | |
| D特 しまんと 3廃止 註{?} [jk] | |
| 湘南新宿ライナー 1増発 [tp] | |
| 湘南ライナー 1増発 [tp] | |
| E特 ソニック101|102 博多-中津 [jk] | |
| D急 よしの川 廃止 1 → 格上げ 剣山 1増発 [jk] | |
| D特 剣山 徳島-高知 1増発 → 6 [jk] | |
| のぞみ 東京-博多 {300系 → 700系 3} [jk] | |
| のぞみ 東京2名古屋1-新大阪下1上2岡山下1博多1 3増発 [jk] | |
| ひかり 東京-新大阪 1 延長 -岡山 [jk] | |
| D特 むろと 新設 徳島下3上2-牟岐1変下2上1甲浦普下2上1 [jk] | |
| D特 ゆふ101 由布院-別府 1増発 [jk] | |
| D特 ゆふいんの森 季2増発 博多季3-由布院季2別府季1 [jk] | |
| 19990510 | |
| 新快速 117系 廃止, 一部 130km/h [sr] | |
| 19990716 | |
| P特 カシオペア 新設 寝季1 [jk] | |
| 北斗星3|4 季1 → 臨時 [rz] | |
| 19990919 | |
| こだま 0系 -{東海道新幹} 廃止 [jk] | |
| 19991002 | |
| E特 有明 延長 博多-熊本下12上13水前寺11肥後大津1八代1水俣上1 [jk] | |
| D特 エーデル鳥取 廃止 1 エーデル北近畿 廃止 1 → 北近畿 統合 [jk] | |
| E特 北近畿 下1上2増発 8 [jk] | |
| E特 きのさき 下2上1廃止 → 下3上5 [jk] | |
| D特 タンゴディスカバリー ← → タンゴエクスプローラー [jk] | |
| E特 たんば 下1上2 廃止 → 下2 [jk] | |
| P急 だいせん → D急 夜1 [jk] | |
| つやま 短縮 → -津山 [rz] | |
| のぞみ 700系 東京9名古屋1新大阪下1-新大阪下1岡山1広島1博多8 下11上10 [jk] | |
| のぞみ 500系 東京7新大阪1-博多8 8 [jk] | |
| E特 まいづる 新設 [jk] | |
| E特 文殊 上1廃止 → 1 [jk] | |
| 19991204 | |
| E特 おはようわかしお 上1増発 [jk] | |
| D急 かすが → 75系 [jk] | |
| 新 こまち/やまびこ 全列車 E2 275km/h [jk] | |
| P特 はやぶさ さくら 併合 → はやぶさ/さくら 東京-熊本/長崎 寝1 [jk] | |
| スーパーひたち 1廃止 → フレッシュひたち 1増発 [jk] | |
| E特 スーパー雷鳥 4 → 7 雷鳥 11 → 7季2 [jk] | |
| E快 セントラルライナー 新設 [jk] | |
| D急 たかやま 廃止 格上げ → D特 （ワイドビュー）ひだ 大阪-飛騨古川 1増発 [jk] | |
| 新 つばさ 延長 -新庄8 山形-新庄 1増発 [jk] | |
| D特 （ワイドビュー）ひだ 2増発 [jk] | |
| D急 わかさ 廃止 格下げ → D快 [jk] |