| 20040313 | |
| あずさ23|16 1廃止 → スーパーあずさ 1増発 [jk] | |
| かいじ101|112 1廃止 → あずさ7|16 1増発 [jk] | |
| D特 九州横断特急 新設 別府-人吉 7本 ← あそ 廃止 くまがわ 7本 廃止 [jk] | |
| リレーつばめ 新設 32 ← 有明 11廃止 , つばめ 14廃止 [jk] | |
| ウイングエクスプレス 廃止 → 成田エクスプレス81|2 1増発 [jk] | |
| 踊り子1|8 1廃止 → スーパービュー踊り子 1増発 [jk] | |
| おはようエクスプレス 金沢-七尾 上1増発 , 金沢-富山 臨毎日下1 定期化 [jk] | |
| E特 きりしま 7増発 鹿児島中央-国分|霧島神宮 [jk] | |
| ソニック 博多-中津 1増発 [jk] | |
| つばめ 廃止 → 新 つばめ 新設 新八代-鹿児島中央 [jk] | |
| D快 なのはなＤＸ 新設 4 [jk] | |
| なは 短縮 -熊本 [jk] | |
| E特 にちりん 3+, 小倉4- → 小倉1- [jk] | |
| D特 はやとの風 新設 2 鹿児島中央-吉松 [jk] | |
| まいづる 1増発 [jk] | |
| やまびこ 東京-盛岡 33本 29本 E2系 [jk] | |
| D特 ゆふ 3本 廃止 → ゆふＤＸ 新設 [jk] | |
| らくらくホームトレイン 廃止 → らくらくトレイン長岡 新設 [tp] | |
| らくらくトレイン村上 新設 [tp] | |
| 20041016 | |
| ばんだい 廃止 6 , あいづライナー 廃止 2臨1 → 無名 郡山-会津若松下6上7喜多方下2上1 8 [jk] | |
| すいごう 廃止, ホームタウン成田 廃止 統合 → あやめ [jk] | |
| うみかぜ 廃止 13土休日3 → 無名 [jk] | |
| ホームタウンさざなみ 廃止 おはようさざなみ 廃止 → さざなみ [jk] | |
| ホームタウンしおさい 廃止 おはようしおさい 廃止 → しおさい [jk] | |
| ホームタウンわかしお 廃止 おはようわかしお 廃止 → わかしお [jk] | |
| だいせん 廃止 → 北近畿21 下1増発 , とっとりライナー 1増発 [jk] | |
| さざなみ 1廃止 → 臨1 [jk] | |
| さざなみ わかしお 257系 [jk] | |
| しおさい|80 臨上1増発 [jk] | |
| 新快速 3増発 [jk] | |
| はんわライナー7|2 1廃止 → スーパーくろしお35|2 1増発 新大阪-和歌山 [jk] | |
| スーパーくろしお1 延長 新大阪- [jk] | |
| 仙山 廃止 下10上11, ホリデー仙山 廃止 下11上12 → 無名 下10上11 [jk] | |
| たんば 上1増発 [jk] | |
| わかしお 1 -勝浦 短縮 → -上総一ノ宮 [jk] |