| 20000311 | |
| P特 あかつき 彗星 → あかつき/彗星 京都-長崎/南宮崎 [jk] | |
| E特 有明 博多-熊本1水前寺1 2増発 [jk] | |
| うみかぜ 仙台- 延長 あおば通- [jk] | |
| D急 えびの 廃止 3 → くまがわ 2増発 [jk] | |
| かもめ 22 → 24{16 885系} -0:11 1:47 [jk] | |
| E特 つばめ102 廃止 にちりん102 廃止 → きらめき 新設 上2 門司港-博多 [jk] | |
| D急 サロベツ 格上げ → D特 サロベツ [jk] | |
| しまんと|8 上1廃止 [jk] | |
| 新快速 221系 廃止 , 全列車 130km/h [sr] | |
| D急 礼文 廃止 格上げ → D特 スーパー宗谷 新設 1 261系 [jk] | |
| D急 宗谷 廃止 格上げ → D特 スーパー宗谷 新設 1 261系 [jk] | |
| スーパーとかち|とかち 4|2 → 1|5 [rz] | |
| E特 スーパーはつかり 新設 7 はつかり 下15上14 → 下8上7 [jk] | |
| スーパーホワイトアロー 1廃止 → ライラック 1増発 [rz] | |
| E特 にちりん -宮崎 4廃止 分割 → ソニック 6増発 , ひゅうが 新設 延岡-宮崎 4 [jk] | |
| 丹波路快速 新設 命名 [jk] | |
| むろと 1廃止 剣山 延長 [rz] | |
| 剣山 短縮 -阿波池田 [jk] | |
| E特 みどり ハウステンボス 全列車 783系 [jk] | |
| はるか 草津臨1京都延1- 定期化 [rz] | |
| ひかり 東京-広島 下8上7 → 東京-岡山下5上4延3広島+3 [jk] | |
| ひかり 東京-博多 12 → 東京-広島6延3博多+3 [jk] | |
| ひかりレールスター 新設 新大阪-博多 14(4) ← ウエストひかり 廃止 [jk] | |
| ひむか 廃止 → 無名 [rz] | |
| ゆふ 短縮 -大分1 [rz] | |
| D急 利尻 格上げ → D特 利尻 [jk] | |
| 20000422 | |
| ひかりレールスター (4) 運転開始 [jk] | |
| 20000817 | |
| ミッドナイトエクスプレス 高松-伊予三島 夜臨下1 [rz] | |
| 20001001 | |
| のぞみ -新横浜-停車 16 → 32 [jk] | |
| のぞみ 全列車 500系 700系 東京-新大阪 +1+{300系} [jk] | |
| 20001202 | |
| あさひ 下1 廃止 短縮 → たにがわ 東京-越後湯沢 下1増発 [jk] | |
| スーパーあずさ 2廃止 → あずさ 2増発 [jk] | |
| いなほ 1廃止 [jk] | |
| 踊り子 -/修善寺 1廃止 [:1|:4 jk] | |
| おはようさざなみ,さざなみ 東京-木更津 上1,下1増発 [jk] | |
| こはく 廃止 [jk] | |
| 新特急草津9 -万座・鹿沢口普 → -万座・鹿沢口 [rz] | |
| たにがわ 下20上21 [rz] | |
| つばさ/Maxやまびこ 6 → 11 [jk] | |
| なすの 下17上19 [Max下1上2 rz] | |
| やまびこ 2本 廃止 短縮 → なすの 東京-那須塩原|郡山 2本増発 [jk] | |
| のぞみ 東京-新大阪 +1 300系 → 700系 [jk] | |
| フレッシュひたち 下18上17 [rz] | |
| ホームライナー千葉 下1増発 [tp] | |
| ホームライナー津田沼 廃止 [tp] | |
| みのり 1廃止 [jk] | |
| わかしお 東京-上総一ノ宮 1増発 [jk] | |
| 20001210 | |
| ミッドナイト 夜季1 [毎日] → 183系 夜季1 [jk] |